自閉癥患者治療前后腸道菌群的分布多樣性 {自閉癥}
稀釋曲線(xiàn)[11]是從樣本測(cè)序后獲得的所有序列中提取一些序列(讀數(shù))。提取的序列數(shù)量是隨機(jī)的，然后統(tǒng)計(jì)每個(gè)提取的序列包含多少otu(即多少物種)。最后以提取的序列數(shù)為橫坐標(biāo)，對(duì)應(yīng)的OUT數(shù)為縱坐標(biāo)，畫(huà)出曲線(xiàn)。C組、R組和Z組的對(duì)比稀釋曲線(xiàn)都趨于平緩，最后曲線(xiàn)幾乎重合，說(shuō)明本次測(cè)序獲得的otu數(shù)量差異不大，本次測(cè)序的數(shù)據(jù)量是合理的。
制備三個(gè)樣品，兩個(gè)用于基因組DNA提取和隨后的測(cè)序，剩下的一個(gè)留作后用。所有過(guò)程應(yīng)在糞便收集后15分鐘內(nèi)處理完畢，然后保存在-80℃冰箱中備用。
標(biāo)準(zhǔn)糞便的收集:收集篩選和知情的受試者的新鮮糞便，立即放入冰盒中，運(yùn)送到實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行預(yù)處理。包裝處理:按分組順序?qū)悠愤M(jìn)行編號(hào)，準(zhǔn)確稱(chēng)取每份樣品200mg，置于新的無(wú)菌2ml離心管中，每次
Shannon-Wiener[11]是用于評(píng)價(jià)樣品中微生物群落多樣性的指標(biāo)。以每個(gè)樣品的不同測(cè)序深度為橫坐標(biāo)，以每個(gè)測(cè)序深度對(duì)應(yīng)的樣品多樣性指數(shù)為縱坐標(biāo)，構(gòu)建一條曲線(xiàn)，從而反映每個(gè)樣品在不同測(cè)序深度的微生物種類(lèi)多樣性。最后，當(dāng)曲線(xiàn)趨于平緩時(shí)，說(shuō)明這次測(cè)序的數(shù)據(jù)足夠大，不需要額外的數(shù)據(jù)就能反映出每個(gè)樣品中大多數(shù)微生物的存在。C組、R組和Z組，Shannon指數(shù)曲線(xiàn)趨于平緩，最終接近重合，說(shuō)明測(cè)序數(shù)據(jù)合理，能夠反映樣品中大部分微生物的信息。
自閉癥譜系障礙(ASD)是一種發(fā)育性神經(jīng)行為障礙，以行為受限、重復(fù)、社會(huì)交往和交流障礙為特征[1，2]。其中，自閉癥是ASD的主要類(lèi)型[3，4]。自閉癥已經(jīng)成為兒童精神殘疾的重要疾病。隨著發(fā)病率的增加，自閉癥給患者家庭造成了極大的精神壓力和經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)，同時(shí)也給社會(huì)造成了不良影響。導(dǎo)致自閉癥的因素很多，包括環(huán)境因素、家庭因素、代謝因素、遺傳因素、免疫系統(tǒng)異常[5]、腦器質(zhì)性損傷等。，以及各種因素之間的相互作用。但到目前為止，自閉癥的發(fā)病機(jī)制尚未完全闡明。2表入組研究對(duì)象表患者組健康對(duì)照組總研究對(duì)象男/女年齡(年)治療持續(xù)時(shí)間2018/23.49 1.262 . 572018/24.56 1.15近年來(lái)，有學(xué)者提出了“腦-腸-微生物軸”這一術(shù)語(yǔ)[6]，他們認(rèn)為:在腸道內(nèi)。因此，腸道有時(shí)被稱(chēng)為人的“第二大腦”或“腸腦”[7]，腸道可以通過(guò)多種方式影響中樞神經(jīng)系統(tǒng)，從而影響人的情緒、認(rèn)知和行為[8]。腸道菌群參與免疫系統(tǒng)的成熟，也可以通過(guò)迷走神經(jīng)和神經(jīng)遞質(zhì)導(dǎo)致神經(jīng)精神障礙。過(guò)去人們對(duì)腸道微生物的研究方法主要依靠分離培養(yǎng)技術(shù)，但腸道內(nèi)可培養(yǎng)的細(xì)菌很少，僅占腸道細(xì)菌總數(shù)的一小部分，而且腸道內(nèi)的大部分微生物很難人工培養(yǎng)。近年來(lái)，隨著分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展，一種快速、靈敏的病原微生物檢測(cè)方法——16S r RNA基因序列分析技術(shù)誕生了，不僅解決了漫長(zhǎng)而復(fù)雜的研究過(guò)程、細(xì)菌培養(yǎng)的困難，還解決了易受藥物干擾等諸多問(wèn)題[9，10]。本研究收集了自閉癥患者治療前(R組)、治療后(C組)和健康對(duì)照兒童(Z組)的20份糞便樣本，通過(guò)16s r RNA測(cè)序技術(shù)和生物信息學(xué)分析比較各組腸道菌群分布的差異。
學(xué)中研究微生物多樣性， 通過(guò)單樣本的多樣性分析（Alpha 多樣性）可以反映微生物群落的豐度和多樣性， 包括一系列統(tǒng)計(jì)學(xué)分析指數(shù)估計(jì)環(huán)境群落 的 物 種 豐 度 和 多 樣 性 。 計(jì) 算 菌 群 豐 度（Community richness） 的指數(shù)有： Chao 和 Ace ；計(jì)算菌群多樣性 （Community diversity） 的指數(shù)有：Shannon 和 Simpson；測(cè)序深度指數(shù)有：Coverage。 兩兩比較結(jié)果如下。菌群多樣性指數(shù)(Shannon 和 Simpson)分析中，ZC 和 ZR 比較均 P
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